بنابر نظر کلینی، شیخ طوسی، شیخ مفید^[و ابن‌شهرآشوب،امام هادی در 15 ذی‌الحجه سال 212ق در صَریا (منطقه‌ای در نزدیکی مدینه) متولد شد. با این حال، تولد او را دوم یا پنجم رجب همان سال، رجب سال 214ق و جمادی‌الثانی سال 215قنیز ثبت کرده‌اند.

به گزارش مسعودی تاریخ‌نگار قرن چهارم، در سالی که امام جواد همراه با همسرش، اُم‌ُّالفَضل حج به جای آورد، امام هادی را در حالی که کوچک بود، به مدینه آوردندو او تا سال 233ق در مدینه زندگی کرد. یعقوبی تاریخ‌نگار قرن سوم قمری نوشته است در این سال، متوکل عباسی امام هادی را به سامرا احضار کرد و در منطقه‌ای به نام عسکر تحت کنترل خود اقامت داد و او تا پایان عمر در آنجا بود.

از زندگی امام هادی، امام جواد و امام عسکری در مقایسه با دیگر ائمه شیعه، اطلاعات چندانی وجود ندارد. محمدحسین رجبی دوانی (زاده 1339ش)، تاریخ‌پژوه، دلیل این مسئله را عمر کوتاه این امامان، محصور بودن آنان و غیرشیعی بودن نویسندگان کتب تاریخ در آن روزگار می‌داند.

ماجرای شیعه‌شدن جُنیدی

بر پایه گزارشی که در اثبات‌الوصیه نقل شده است پس از شهادت امام جواد، از سوی حکومت عباسی شخصی به نام ابوعبدالله جُنَیدی که متعصب و در دشمنی با اهل‌بیت زبانزد بود، مأمور شد تا امام هادی را تعلیم دهد و او را زیر نظر داشته باشد و از ارتباط شیعیان با او جلوگیری کند؛ اما پس از چندی این شخص تحت تأثیر علم و شخصیت امام شیعه شد.

فرزندان

در منابع شیعه از چهار پسر به نام‌های حسن، محمد، حسین و جعفر برای امام هادی یاد شده است. همچنین از دختری برای او یاد شده است که شیخ مفید نامش را عایشهو ابن‌شهرآشوب عِلِّیّه (یا عَلیِّه) ذکر کرده‌اند. در دلائل‌ُالاِمامه دو دختر به نام‌های عایشه و دَلاله برای وی ذکر شده است. ابن‌حجر هیثمی از علمای اهل‌سنت نیز در الصَواعِقُ المُحرِقَه فرزندان امام دهم شیعیان را چهار پسر و یک دختر دانسته است.