آیاتی در قرآن وجود دارد که  بر ازدواج حضرت علی(ع) و حضرت فاطمه(س) دلالت دارند:

آیه انتهایی سوره «کوثر» : این سوره، دشمن پیامبر را مقطوع النسل می‌داند و عنوان می‌کند که خدا به پیامبر اکرم(ص) خیر کثیر عطا کرده است و می دانیم که با ازدواج امام علی(ع) و حضرت زهرا(س) بود که نسل حضرت پیامبر(ص) ادامه پیدا کرده و گسترش می‌یابد.

«وَهُوَ الَّذِی خَلَقَ مِنَ الْمَاء بَشَرًا فَجَعَلَهُ نَسَبًا وَصِهْرًا وَکَانَ رَبُّکَ قَدِیرًا» و اوست آن خدائی که از آب نطفه، آدمی را بیافرید و آنها را بوسیله ازدواج با یکدیگر قرابت و خویشی داد. و البته پروردگار تو بر انجام هر عملی تواناست (آیه 54 سوره مبارکه فرقان)

آیات 19-22 سوره «الرحمن» : در این سوره چنین آمده: «مَرَجَ الْبَحْرَیْنِ یَلْتَقِیَانِ… یخَرُجُ مِنهْمَا اللُّؤْلُؤُ وَ الْمَرْجَان» در تفسیر این دو آیه، در روایات آمده که منظور از دو دریا حضرت علی(ع) و حضرت فاطمه(س) و منظور از مروارید، امام حسن(ع) و منظور از مرجان، امام حسین(ع) است.